Juan Orlando Hernández Alvarado nació el 28 de octubre de 1968 en la ciudad de Gracias, Lempira, en la aldea de Río Grande. Realizó sus estudios en la Universidad Nacional Autónoma de Honduras donde se convirtió en licenciado en Ciencias Jurídicas y Sociales, abogado y notario. Además obtuvo un título de Maestría en Administración Pública con énfasis legislativa en Estados Unidos.

Mientras cursaba sus estudios en la UNAH, Juan Orlando se involucró activamente en la política universitaria hasta llegar a ser Presidente de la Asociación de Estudiantes de Derecho, de 1988 y 1989. En 1990 su hermano, Marco Augusto ocupó la Primera Secretaría del Poder Legislativo y decidió llamarle para que fuera su Asistente Ejecutivo durante ese periodo y comenzo a relacionarse con el Partido Nacional.

Como profesional de las leyes, Hernández ha sido miembro de varios bufetes de abogados y catedrático de Derecho Constitucional en la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras.

En el proceso electoral de 1997, venció al primer diputado liberal por Lempira.Durante su segundo período legislativo, fue electo como Primer Secretario de la Junta Directiva, cargo desde el que impulsó innovadoras medidas de transparencia en la gestión legislativa. Durante su gestión se creó el sitio web del Congreso Nacional como un instrumento para acercar el Poder Legislativo al pueblo.

En enero de 2010, el pleno del Congreso Nacional eligió a Juan Orlando Hernández Alvarado, como el presidente de la Junta directiva provisional de ese poder del Estado. antes de dejar el Congreso para dedicarse a su campaña presidencial, Hernández introdujo un proyecto de ley para la creación de la Unidad Toma Integral Gubernamental de Respuesta Especial de Seguridad (Tigres).

Hernández está casado con Ana Rosalinda García y ha procreado cuatro hijos: Ivonne María, Juan Orlando, Ana Daniela e Isabela.